كان المعتمد في تأليف المناهج التربوية بالمؤسسة على ثلة من الأساتذة والمشايخ ذوي كفاءات علمية وخبرة في التعليم، بمشاورة وتنسيق مع هيئة توحيد المعارف لمؤسسات التعليم الحر بوادي مزاب.
وبعد الوقفة التقويمية لمسيرة معهد عمي سعيد في ذكرى ربع قرن لتأسيسه ولد قسم المناهج والتكوين التربوي لتلبية حاجات المؤسسة في مجال المناهج ومسايرة التطور العلمي وترقية نشاط الإطار التربوي. ومن ثمار القسم:
- إصدار وثيقة الأسس المرجعية والغايات التربوية للمؤسسة سنة 1424هـ/2003م، لتكون قاعدة النشاط التربوي بالمؤسسة.
- إصدار سلسلة التربية الإيمانية للمرحلة المتوسطة في أربع حلقات.
- تأسيس مشروع المناهج الشرعية الفعالة الموحدة بين المعاهد الثلاثة: الحياة- عمي سعيد- الإصلاح.