مؤسسة الشيخ عمي سعيد مؤسسة خيرية تعتمد في تسيير نشاطها على الأوقاف وهبات المحسنين وتبرعاتهم، ومع توسع هياكلها وفروعها وتضاعف أعداد الطلبة والطالبات المنتسبين إليها، تم تجديد الهيكل الإداري وتأسيس هذا القسم من أجل عمل مؤسسي منظم وضمان تمويل كاف ومستقر. وفروع القسم هي:
- قسم الموارد المالية والمحاسبة.
- قسم المشاريع الاستثمارية.
- قسم العقار والوصايا.
- قسم البناء والتجهيز والصيانة.