أضافت إدارة المؤسسة لبنة مكملة للمعهد في مستوى التدرج، أطلق عليه اسم: قسم التخصص في العلوم الإسلامية، وهو مرحلة للدراسة الجامعية تؤهل إلى مستوى شهادة الليسانس، الهدف منها:

+ إعداد طلبة أكفاء مؤهلين للتصدي لميادين التعليم والإفتاء والدعوة والإرشاد.
+ تكوين باحثين مضطلعين بتقنيات البحث العلمي، مؤهلين للدراسات العليا والبحوث الشرعية.
+ التنقيب عن التراث العلمي ونفض الغبار عنه بتحقيقات علمية منهجية.
+ توفير فرص للدراسة والبحث في تراث المدرسة الإباضية.

وقد فتح القسم أبوابه للطلبة يوم 22 ربيع الأول 1409هـ/02 نوفمبر 1988م، وزاولت الدراسة فيه دفعات عدة من الطلبة الذين يعدون بالعشرات، وقد احتفل بتخرج أول دفعة منه يوم 05 ربيع الأول 1413هـ/02 سبتمبر 1992م.

ولمزيد التعرف على نظام القسم وبرامجه يُرجع إلى "دليل القسم" الذي أصدرته إدارة القسم سنة 1424هـ/2003م.